Bei jedem der Verweserämter sind vier bis sieben Holzmeister unter Vertrag. Ihre Aufgabe ist die Fällung und Zubringung der ungeheuren Holzmengen, die für den Salinenbetrieb benötigt werden. Sie arbeiten für das Salzamt über Akkord-Verträge. Dafür haben sie alle Arbeiten in ihren eigenen Werkstätten zu leisten, die Arbeiter anzustellen und zu entlohnen, die Ries- und Holzwege herzustellen und zu erhalten. Zusätzlich haben sie durch getrennte Verträge den Salzfertigern das Kufholz für die Verpackung des Salzes zu liefern.

Zur Festlegung der Akkord-Verträge mit den Holzmeistern sowie der Ordnung der Holzwirtschaft und der Kontrolle der Schlägerungen gibt es jährlich abgehaltene Waldbeschauen, die von den Verweserämtern angeordnet werden. Kommissionen halten in unregelmäßigen Abständen Generalwaldbeschauen ab.

Den Waldmeistern obliegt die ständige Aufsicht über die Arbeit der Holzmeister und damit auch über den Wald und seine vertragsgerechte Nutzung. Das Amt des Waldmeisters für das gesamte Gmundner, Ischler und Hallstätter Waldwesen wird aber erst nach dem Tod von Thomas eigens für seinen Sohn Wolf Seeauer geschaffen.

Die technischen Leistungen werden in den beiden kaiserlichen Privilegien von 1558, der Verleihung des Wappens, und 1582, der Erhebung in den Adelsstand, ausdrücklich hervorgehoben.

Trotz seiner technischen Leistungen ist wenig schriftlich überliefert. Das liegt vor allem daran, dass die technischen Planungen im Rahmen von komissioneller Beratung stattfinden. Diese Beschauungen werden an Ort und Stelle mit allen leitenden Beamten und den freien Unternehmern in allen Einzelheiten besprochen, sodass der Schriftlauf alleine schon deshalb gering ist. Ganz allgemein sind aus dieser Zeit wenige Akten überliefert, kaiserliche Dekrete ausgenommen.

Schon vor Thomas Seeauer war am Abfluss der Hallstätter Sees eine Klause errichtet. Seine Leistung liegt vor allem in den Verbesserungen und er begehrt daher "der Clausen halber zubeschauen ob er zimer dazu steen lassen sol". Im ersten Reformationslibell von 1524 wird das Haus zu Steeg beschrieben, das zu nahe am Fluss liegt und daher zur Aufbewahrung von Salz wenig geeignet ist und umgebaut werden soll.

Die Grundidee hinter seinen Wasserbauten trägt Thomas Seeauers 1564 anlässlich des Besuches von Kaiser Ferdinand I. zu Ischl dem Monarchen selbst vor. Besonders nach den beiden sintflutartigen "Wassergüssen" (also Hochwasserkatastrophen) der Jahre 1567 und 1572 ist ein völliger Neubau der Wasserbauten am Hallstättersee und der Traun erforderlich.

Das bedeutendste Schifffahrtshindernis am Oberlauf der Traun stellt "der wilde Lauffen" dar, an dem Thomas Seeauer gearbeitet hat. Die "Hauptseeklause" in ihrer letzten Ausprägung wird erst 1629 errichtet, Thomas Seeauer leistet auch dafür wichtige Vorarbeiten. Dazu gehört unter anderem auch die Klause in der Lainau hinter dem Traunsee, denn unter den Kommissären die 1548 das Bauvorhaben begutachten wird auch Thomas Seeauer genannt.

Den eigentlichen Ruhm erwirbt sich Thomas Seeauer mit seinem "ehevor nie gesehenen, von ihme angegebenen kunstwerke... zu seiner unsterbliche gedächtnus..." an dem "sogenandt in ganz Teutschland berueffenen fahl auf der undten und mitern Traun." Der große Traunfall in der Mitte zwischen Lambach und Gmunden wurde zwar schon im 14. Jahrhundert von der Schifffahrt überwunden und um 1416 weiter ausgebaut. Thomas Seeauer hat durch die Anlage des heute noch bestehenden Fahrkanals eine bedeutende Verbesserung des Transportwegs und "die außfuhr des mehrers dann über eine million gulden über alle Unkhosten jährlich abwerfenden Salzes glicklich bewerthet."

Bald nach dem das Haus Habsburg 1526 die böhmischen Länder erworben hatte, trachten die Landesfürsten den offenbar bereits seit vorgeschichtlicher Zeit bestehenden Salzhandel von Hallstatt nach Böhmen zu intensivieren und damit das aus dem Ausland (Bayern und Salzburg) eingeführte Salz zu verdrängen. Um das Hallstätter Salz wettbewerbsfähig zu machen, müssen die bis dahin primitiven Transportverbindungen ausgebaut werden. Nur so kann die Ausfuhr des Salzes nach Böhmen zu einem einträglichen Geschäft gestaltet werden. Bereits Karl IV. soll 1375 als Landesfürst von Böhmen einen Schifffahrtskanal als Verbindung von Donau und Moldau geplant haben.

Die Akten des Gmundner Salzamts vermerken, dass der Werkmeister Lienhart Resch 1547 Vorerhebungen betreibt, die jedoch gleich wieder ins Stocken kommen, als der aus dem Salzkammergut stammende Werkmeister sich im darauf folgenden Jahr weigert, den Dienst fortzusetzen, weil er zu weit von seiner Heimat entfernt sei.

1549 wird festgestellt, dass kein anderer ein dem umfangreichen Wasserbauprojekt an der Moldau gewachsen sein könne, als Meister Thomas Seeauer. Dieser hatte zu diesem Zeitpunkt sicher bereits das Projekt genauer gekannt und sich vor Ort genauer umgesehen. Da die Verantwortlichen in der Saline Seeauer für unentbehrlich halten, wollte man noch einmal mit Resch über die Wiederaufnahme seiner Arbeit an der Moldau reden. Er sollte mit einem Polier mit elf Knechten und sechs Zimmerleuten mit je zehn oder elf Knechten aus dem Salzkammergut die Arbeiten fortsetzen.

1555 sind dann die Regulierungsarbeiten an der Moldau so weit abgeschlossen, dass in der Zeit vom 20. Juli bis zum 4. August die beiden Werkmeister Thomas Seeauer und Leonhart Resch eine Kommissionierung des Bauwerks vornehmen. Sie fahren auf der Moldau von Prag bis Frauenberg, eine Meile unterhalb von Budweis gelegen. Nach Budweis selbst kann man wegen des hohen Wasserstands nicht gelangen. Thomas Seeauer verfasst einen Bericht mit einer Reihe von Verbesserungsvorschlägen. Schließlich reicht er noch eine Reisekostenabrechnung über 249 Taler ein. Ab diesem Jahr werden die Lebensmittel für das Tiroler Silberbergwerk in Schwaz im Gegentrieb auf der Moldau verfrachtet. Bisher mussten sie von Böhmen mit Fuhrwerken zur Mühl und dann über die Donau und den Inn geführt werden.

Im Wappenbrief von 1558 wird diese Leistung von Thomas Seeauer besonders hervorgehoben "... sonderlich als man die Multa von Böheimbischen Budweis schiffleich zu machen zu beratschlagen fuergenomben worden, bestes fleißes handeln und volbringen helfen."

Seit je ist es Gepflogenheit, dass hervorragende Persönlichkeiten aus Verwaltung und Technik nicht bloß in ihrer engeren Heimat, sondern auch auswärts ihre Erfahrung einsetzen. Und so zieht man auch Thomas Seeauer als Mitglied einer Kommission für das Leobner Eisenwesen und die Regulierung der Enns heran.

An der Enns ist vor allem der Bau eines großen Rechens bei Großreifling bereits seit 1502 geplant und bisher noch immer nicht durchführbar. Bereits 1552 werden zur Begutachtung zwei bayerische Klausmeister aus Berchtesgaden und einige Jahre später die kaiserlichen Klausmeister Thomas und Wolf Seeauer zur Beratschlagung berufen. Das Bauprojekt selbst leitet dann ab 1565 der ebenfalls weltberühmte Wasserbaumeister Hans von Gasteiger.

Graz war seit 1564 Residenzstadt und Sitz der innerösterreichischen Zentralverwaltung mit Geheimer Hofstelle, Hofkammer und Hofkriegsrat. Erst durch die Regulierung der Mur konnte sich die Siedlung rasch vergrößern. Kaiser Ferdinand II. war als zweiter Sohn des Erzherzogs Karl II. von Innerösterreich und 1578 in Graz geboren worden.

Als Kaiser Leopold I. 1699 die Brüder Johann Friedrich und Johann Ehrenreich Seeau von Mühlleuten am 12. Mai in den Reichsgrafenstand erhebt, wird nochmals der Leistung des Thomas Seeauer durch ein eigenes Wappenfeld mit "seinen" Flüssen gedacht.

Das vierte Wappenfeld zeigt in Rot drei silberne Balken, dargestellt sind damit die Flüsse Traun, Moldau und Enns die die Stätten seines Wirkens symbolisieren.

Wolfs Stammfolge à VI. Thomas (†1584) à VII. Wolf (†1592)

Beim Widersacher der Seeauer handelt es sich bei dem um den historischen Freiherrn Hans von Haim zu Reichenstein (Haimb, Haym, Heimb) † 1616 in Wien.

1575 Wolf Seeauer wird am 11. Jänner auf Vorschlag des Salzamtmanns Georg Neuhauser durch eine eigens erlassene Instruktion als Waldmeister bestellt und dazu verpflichtet, sein Unternehmen als Holzmeister mit eigenen Werkstätten aufzugeben und bei jedem Klaus- und Wührwerk einen Polier anzustellen. Die Verantwortung des Waldmeisteramts ist sehr umfangreich: Das Mandat umfasst alle Wälder der Herrschaften Wildenstein, Kammer, Kogl, Wildenegg, Seisenburg und Ort, dazu die Wälder der Klöster Mondsee, Traunkirchen, Lambach und Kremsmünster. Damit verbunden ist auch die Kontrolle aller in diesem Gebiet arbeitenden Holzmeister.

1587 Wolf Seeauer wird Ziel einer Intrige, die der Freiherr von Haim gegen ihn betreibt.

Der Freiherr von Haim schreibt an den Kaiser: "Aus welchem nun wohlanzunembe, das Waldtmaister villgemelte Ausmarchung nuer zu seines Vatters und sein selbs Aigennuz practicieret und die andern, dieweil ine fast meniglich fuer ein Abgot und Säulen des ganzen Wesens halten muessen, zu unrechter und Ihrer Majestät dieser Orten nachthailiger Erkanntnus bewegt hat." Weiters spricht sich der Freiherr für die sofortige Entlassung Wolfs aus den kaiserlichen Diensten aus und dass das Amt "hinfüro mit ainer solchen Person, die weder bei den Holzwerchen interessiert noch auch sonsten den Holzmaistern mit Freundschaft oder ainicher Verwandtschaft zugethan" zu besetzen sei und nennt gleich seinen Günstling Etzinger als würdigeren Nachfolger.

In Bezug auf das Können der Seeauer schreibt der Freiherr von Haim an den Kaiser: "das sy disfals alle Khunstgeschicklichkait dieser Person als dem Seeauer allen zuschreiben und mit irem Anzeigen dahin geen, als ob sonst niemand bey dem ganzen Wesen nichts wüste, noch verstünde." und er glaubt zu wissen, dass zur Planung der goßen Wasserbauprojekte vor allem das Wissen von Schiffsleuten und Fuderführern herangezogen worden sei.

Der Salzamtmann Georg Neuhauser bringt in seiner Gegenschrift vor, dass die Seeauer nach dem Hochwasser von 1567 die zerstörte Schifffahrtsanlage am "alten Lauffen" neu gebaut hätten und dass die "Wassergebeuen schließlich wohl gelungen" seien. Außerdem wirft er dem Freiherrn vor "sich wider den Seeauer meren Wissenhait zu erkhundigen" - also das Können ausspionieren zu wollen. Außerdem schreibt er, dass die Seeauer ihre "Aidspflicht" einhalten und in ihrem Amt aufrichtig gehandelt hätten. Er plädiert in seinem Schreiben an den Kaiser darauf, dass der Freiherr achten solle, was "beede Seeauer bey dem Salzwesen gelaist und erzaigt haben." Die Seeauer seien durch den Freiherrn von Haim "offensichtlich in den Wierdsheusern und anderen Orten für malefizisch außgeschrien worden, aber doch hernach, da er sein Verstandt bösser wargenummen, mit im essen und trinckhen lasse." Außerdem ist Neuhauser davon überzeugt, dass sich "bey dem ganzen Salzwesen und allen Arbeiten khainer befindet, der mit dergleichen Erfahrenhait, auch das Clauß- und Wuerchwerk bertreffend dem offtgedachten Seeauer fürzuziehen ist."

Haim schreibt weiter, dass "der Walldtmaister Seeauer eines Holzhackhers Sohn" sei und dass er "weder lesen noch schreiben khan."

Nachträglich wird sich daher auch nicht mehr abwägen lassen, wie schuldig sich die Seeauer gemacht hatten. Auf der einen Seite steht das unleugbare Fehlverhalten auf Seiten der Seeauer. Auf der anderen ist die Reaktion eines ärgerlichen Adeligen, der sich gegen die neuadelige Familie abgrenzt und sie schwer belastet.